per quanto riguarda la D800E, di diverso ha solo l'assenza del filtro passa-basso, che ne permette di aumentare la qualità dell'immagine e di dettagli in una foto (ma veramente di poco) e di contro ha l'aumento (lieve) di rumore rispetto alla D800, proprio per la mancanza del filtro..
per come la vedo io, la D800E è pensata più per foto specifiche, che ti permettono di avere più tempo per comporre l'immagine e ricorrere meno agli iso, come macro o paesaggi...ma nulla che faccia gridare al miracolo, tra le due prenderei senza dubbio la versione liscia, per l'uso che ne faccio io, una resistenza ad alti iso maggiore è preferibile rispetto a una quasi impercettibile aumento di dettagli della versione E (come se la D800 liscia facesse schifo

)
perciò non ci pensare, il tuo non è affatto un errore e la D800E nn è assolutamente superiore alla D800, dipende dall'uso che ne si fa! hai preso una gran macchina in ogni caso!
ps: che lenti possiedi già o pensi di abbinarci?