Tra i programmi freeware puoi anche provare
VideoToVideo converter anche in versione portabile.
Puoi unire i file con lo strumento Join video files e poi rimuovere la pubblicità con il Commercial remover. Nella finestra che compare dopo l'unione o dopo la rimozione di spezzoni scegli Direct stream copy, se vuoi preservare la registrazione originale.
A me ha funzionato bene con file MP4 di risoluzione 1920x1080, però non saprei dirti come si comporta con i file TS che potrebbero presentare errori di registrazione come nel tuo caso, casomai fai sapere.