La differenza di versioni 32/64 bit non c'entra nulla con il tuo problema. Evidentemente i virus hanno fatto danni molto vasti, non solo al sistema, ma forse anche negli HD esterni, sempre che non ci sia ancora rimasto qualcosa di malware annidato magari negli hd esterni. Tanto i virus quando entrano poi si diffondono facilmente. Ti conviene rivolgerti alla sezione rimozione malware.
http://www.hwupgrade.it/forum/forumdisplay.php?f=125