Il tuo primo problema è lo stesso che sto avendo io con il mio HD da 1TB (sto effettuando la stessa procedura ma con lo stesso problema anche con uno da 2TB), vedi il post:
http://www.hwupgrade.it/forum/showthread.php?t=2584393
Anche a te il file system diventa RAW quando colleghi l'HD NTFS direttamente via SATA?