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Non ha molto senso effettuare il benchmark prima e dopo l'aggiornamento del firmware a meno di non avere la garanzia che lo stato del drive sia il medesimo (spazio libero trimmato). Visto che il tuo SSD è solo da 128GB, è facile che dopo il primo benchmark molte celle siano state "sporcate" da dati e che ciò abbia compromesso le prestazioni del successivo. Poi CrystalDiskMark di suo non è accuratissimo quanto a valori riportati, che variano in su ed in giù anche notevolmente da un test all'altro. Meglio ASSSD a mio parere.

Per quanto ne sappia l'ultimo firmware non apporta variazioni significative nei benchmark sintetici, in ogni caso.

Quanto alla lentezza in caso di reboot, è lo stesso medesimo problema che ho su una scheda madre Gigabyte G45 (SATA-II), Intel Core2 Duo E8500 con un SSD Intel X25-E 64 GB e Windows 8. Riavviando il PC il sistema ci mette il doppio a bootare per qualche motivo. Per contro, sul PC che uso (configurazione in firma) in entrambi i casi il boot è velocissimo. Partizione MBR, Windows 8. In precedenza avevo l'SSD inizializzato in GPT: medesima velocità.

Mi viene il dubbio se non sia la scheda madre ad influire in qualche modo, per qualche motivo. Magari serve abilitare il "fast boot" da BIOS (o qualcosa sotto la voce "Windows 8 support" o simili). Sulla vecchia Gigabyte dell'SSD Intel menzionato poc'anzi non ce l'ho, ma su quella del mio attuale PC e di un altro identico che ho avuto modo di testare, con scheda madre ASRock H77, c'è, e non ci sono problemi di lentezza di boot al riavvio.