Non sono un esperto di Bash ( anzi, lo odio proprio per la sua illogicità ) ma prendi questa parte di comando:
Codice:
--sout="#transcode{vcodec=$video,fps=,vb=$bitrate,scale=$scale,$size,acodec=$audio}:"$output""
Usi due volte di fila " dopo
$output .
Potrebbe essere quello?
EDIT: E apri la prima " dopo
--sout=