Se non vuoi criptare singolarmente i file, puoi nascondere la cartella usando ad esempio Wise Folder Hidden che trovi qui
http://www.wisecleaner.com/wisefolderhider.html, però non so come si comporta il sistema operativo quando trova una cartella di sistema nascosta, io non ho mai provato, a occhio mi sembra più logico nascondere le sottocartelle con i documenti.