[#!/bin/sh]

come sono messe le partizioni? sono fat 32 entrambe o quella di xp è ntfs?
al lavoro ho un link ad un software free che penso ti risolverebbe il problema. cmq se sono tutte e due fat32 puoi usare xcopy da una finestra dos di windows. digiti:
xcopy /c /h /e /k /r lettera origine:\*.* letteradestinazione:\*.*
attivi la patizione da cui vuoi fare il boot e sei a posto. l'unica accortezza è che se è xp che ti fa fare il boot devi mettere il disco nuovo nella stassa posizione del disco vecchio (master/slave...). Se usi linux invece puoi usare dd. Se non erro
dd if=/dev/hdorigine of=/dev/hddestinazione
se non erro. il dd è un casino che non lo uso.