Premetto che JNI non è un meccanismo semplicissimo. Ti consiglio di riferirti a
questo documento che era il pdf che si poteva trovare sul sito della sun un po' di tempo fa. Se leggi l'introduzione vedrai che i capitoli che ti servono sono i primi (gli ultimi sono le specifiche per implementare una java virtual machine)
A pagina 12 c'è il diagramma dei passaggi che devi eseguire che poi sono quelli che hai detto tu.
Per il file .h che viene creato da javah devi fare un .c in cui implementi l'interfaccia che trovi nel .h. Poi in questo .c (il wrapper) puoi chiamare altre funzioni C che hai già scritto.