Premesso che neanche io conosco nei dettagli quei filesystem e penso nessuno a parte Microsoft sappia esattamente com'è strutturato il suo. Di sicuro ExFAT come FAT32 ha ben poco da spartire anche solo concettualmente con NTFS ed Ext4 e ReiserFS (mettiamoci pure Ext3) che sono tutti
FS journaled e inoltre sicuramente profondamente diversi gli uni dagli altri (a parte ovviamente ext4 che è l'evoluzione di ext3). Ma è giusto che sia così visto che l'utilizzo che se ne fa su una memoria non critica è ben diverso e va privilegiata la semplicità.
In secondo luogo visto che, come dice il nome ExFAT (aka FAT64) dubito sia molto di più che un FAT32 con le tabelle di allocazione estese a 64bit per innalzare i limiti e qualche altra minima differenza, sarà pur sempre basato su FAT, è veramente improbabile l'abbiano riscritto da zero; anche perché come detto il monopolio non ti mette certo il fiato sul collo!
Vero che alla lunga si può imitare l'implementazione di un FS proprietario, infatti FAT32 (che tra l'altro a sua volta era l'estensione di FAT16) è ben supportato su Gnu/linux, ma per ora non si può dire lo stesso di FAT64 (è ancora acerba l'implementazione, certo alla lunga diviene un problema trascurabile).
Ma questo come hai fatto notare tu è più un problema etico, il vero difetto del proprietario è che tutti paghiamo Microsoft comprando una scheda SD o una fotocamera che sfrutta FAT32 e questi soldi non sono certo reinvestiti nel miglioramento del filesystem visto la storia passata e la naturalità del monopolio che non ti spingono certo a migliorarlo. In questo caso il problema più che etico diventa commerciale e di efficienza nello sviluppo/miglioramento visto che ti obbliga a sottostare ai capricci di un produttore monopolista, che tra l'altro cerca di sfruttare ovviamente la cosa per favorire i propri prodotti (vedi storia dei finti formati open-xml per i nuovi file salvati dai MSOffice recenti).
Questo è un problema generale che si ripete con molti formati proprietari non solo in questo caso particolare, altri esempi sono dati dall'adozione di formati audio/video sui lettori i vari mp3, divx, H.264/AVC, li si paga tutti (indirettamente sui lettori) a prescindere dallo sviluppo e dagli investimenti futuri, anche se lì almeno non è presente il monopolio e la situazione è un po' più concorrenziale.