Sicuramente la versione per Linux è più lenta di quella per Win ma non credo che una sia compilata e l'altra interpretata, probabilmente è solo una questione di ottimizzazione.
Comunque Mozilla è anche una piattaforma di sviluppo per programmi che girano indipendentemente dal sistema operativo sottostante (ad esempio le varie extention sono indipendenti dal OS); magari è possibile che nella versione Linux parte di Mozilla giri interpretato su Mozilla stesso.....
Non sono un programmatore e quindi potrei dire delle castronerie