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usando l'opzione -o del gcc ti compila il sorgente e ti linka l'oggetto appena creato nell'eseguibile. Ovviamente questo viene eseguito da console, per cui sotto X lui esegue il codice e una volta uscito chiude anche la finestra. Dunque metodo + semplice o fai un front end grafico (designer o glade) oppure come hai già notato usi una console e lo lanci da console (come faccio io)
Per includere le librerie devi mettere nel codice #include e poi se la libreria è dinamica come quela math.h devi usare l'opzione -lm nel caso del c o -lmath se compili come cpp... Se non ricordo male!
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