ntfs senza dubbio: più sicuro e più stabile.
Ricordati anche che con fat32 esistono anche limiti alle dimensioni massime..cosa che con ntfs non esiste.
L'unico motivo per non farlo è se usi linux e hai bisogno del spporto anche in scrittura su tale partizione. In tale situazione il consiglio diventa: partizione primaria per s.o. e programmi principali in ntfs, mentre dati mp3 e jpeg porno

su fat32
Byezzzz