C'è qualcosa che non torna, cioè se uno dei due Hd non è presente il Sistema operativo non può partire, anzi, al momento del boot ti dovrebbe apparire l'utility del controller raid che con una scritta in rosso accanto all'HD assente dice ,appunto, missing e devi ricomporre l'array altrimenti windows non parte per niente.
Dovresti provare a spiegare meglio il test che lanci e cosa ti dice, perchè se hai fatto quello che ti ho detto e sei riuscito a far partire il SO i conti non tornano
Ciao
