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O metti tutto nella stessa directory..
quindi avrai la funzione.c che avrà #include "funzione.h"
ed il codice che avrà #include "funzione.h"
oppure puoi mettere anche in un'altra directory, ad esempio in "parallelo" alla directory di lavoro..
In tal caso la funzione.c avrà #include "funzione.h"
mentre il codice avrà #include "../nomecartella/funzione.h"
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