Il motivo è presto spiegato: quasi tutti i dischi WD hanno una gestione dello standby molto "conservativa", quindi dopo un po' che non vengono utilizzati vanno appunto in standby.
Quel "bip" che senti è il disco che si riavvia, e lampeggia perché sta leggendo/scrivendo dati. A volte non è nemmeno necessario che sia tu ad attivarlo: MacOsX ogni tot manda un segnale ai dischi collegati e così li risveglia