[GByTe87]

Dunque; per eseguire il programma, una volta finiti gli sviluppi userai una sintassi del genere:

java Main

A questo punto puoi fare una cosa del genere:

java Main file1.txt dir/file2.txt dir2/file3.txt

L'array di stringhe args conterrà tutti i parametri che seguono il file *.class in esecuzione. Banalmente, eseguendo ciò..

public class Main{
    public static void main(String[] args) {
        for (String e : args)
            System.out.println(e);
    }
}

...in questo modo..

java Main file1.txt dir/file2.txt dir2/file3.txt

Il risultato a console sarà..

file1.txt 
dir/file2.txt 
dir2/file3.txt

A quel punto diventa uno scherzo:

public class Main{
    public static void main(String[] args) {
        for (String e : args) {
            metodo_a(e);
            metodo_b(e);
            metodo_c(e);
        }
    }
}

Scusa se non sono stato chiarissimo ma sono un po' di fretta.

(In Eclipse, per aggiungere parametri click col destro sul progetto -> Run -> Run Configurations)