Io più che variare i fps avrei cercato fin dall'inizio di rendere uguale nei contenuti l'audio rispetto al video tagliando le parti in più, quindi avrei adattato la durata.
Se l'asincronia è costante, puoi agire facilmente con VDub.
Se è progressiva, cioè i due flussi partono in sincrono ma terminano sfasati devi provare a cambiare la durata dell'audio elaborandolo con uno dei tanti tool gratuiti, BeHappy per esempio.
Se posti la durata del video originale e dell'audio dopo il taglio della pausa vediamo se ci possiamo rientrare. Per il tempo preciso carica i file singolarmente su VLC, MediaInfo arrotonda troppo.
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