Sicuramente puoi creare la nuova partizione, anche se per sicurezza sono operazioni che andrebbero fatte sempre ad HD vuoto, comunque esistono ottime utility come Partition magic o Gparted bootable per farlo. Invece non l'utility di windows non permette di formattare quel tipo di device hd come fat32, al massimo exfat.
Magari prova anche questo
http://www.ilgerone.net/rockbox/tools/fat32format.php