beh potresti innanzitutto controllare se in risorse hardware appaiono uno o più punti esclamativi gialli
fare una passata di antivirus/malware/rootkit etc che male non fa
aggiornare manualmente i driver di ogni periferica del tuo pc
ovviamente avendo due schede audio, una integrata ed una esterna devi decidere quale delle due usare, se opti per quella esterna devi disabilitare da bios quella integrata altrimenti c'è il serio rischio di conflitti dei layer dei driver
i micro rallentamenti possono dipendere anche da un fattore termico, da quanto tempo non pulisci internamente il pc da eventuali accumuli di polvere? Controlla anche le temperature di esercizio con programmi quali gpuz, coretemp, realtemp, speedfan, siw etc, sia appena raggiunto il desktop sia dopo una mezz'oretta di utilizzo abituale del pc
altra prova potrebbe essere quella di staccare momentaneamente l'ups e vedere se il pc alimentato direttamente dalla rete si comporta in modo simile oppure se i micro rallentamenti spariscono
ciao ciao
P.S.
ah no, c'è anche il visualizzatore eventi di windows da poter consultare per vedere se ci sono segnalazioni da parte del O.S.