la tua mobo prevede la possibilità di fare l'hot swap (inserimento a caldo) degli hard disk in ogni caso? Perchè se non lo permette mi sa che hai un serio problema con uno (o entrambi) i dischi
l'errore ad ogni modo sembra imputabile alla corruzione dell'mbr imho
prima di farti provare il ripristino dell'mbr, se a macchina spenta togli in secondo hard disk cosa succede? Nel bios le porte sata sono settate in IDE o in AHCI?
sto anche dando per scontato che non hai collegato gli hd a porte sata dedicate al raid
ciao ciao