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Il controller era già presente ed attivo durante l'installazione del sistema?
Se l'hai aggiunto o attivato dopo potrebbe aver cambiato l'ordine di boot dei dischi: se non hai provveduto potrebbe avere influenzato.
Se era già attivo direi che i dischi dovrebbero essere stati numerati di conseguenza: una volta installato Grub in un disco/array presente nella sequenza di boot ed impostato il percorso della partizione /boot il sistema avrebbe dovuto digerire la cosa in scioltezza.
Visto che di recente si usano gli UUID, che sono indipendenti dalla numerazione logica dei dischi, la possibilità che un controller possa dare fastidio sono ancora inferiori.
Non ho idea se un controller in più possa dare noie al fakeRAID: non lo escluderei a priori ma lo considererei strano.
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