Scusate se mi intrometto: a questo punto è meglio staccare il vecchio disco, collegare il nuovo, installare il SO e poi ricollegare il vecchio disco come slave o sul secondo canale EIDE
Il sistema si avvierà dal primo disco, si potrà copiare tutto quello che si vuole dal secondo al primo e poi pulire il secondo
In questo caso non c'è nemmeno il problema del boot.ini