Puoi farlo con Vdub ed il filtro Delogo,
qui trovi una spiegazione con VirtualDubMod ma i passi da seguire sono gli stessi, però nel salvataggio devi ricomprimere il video quindi o fai questo passaggio alla fine del montaggio ed utilizzi VDub/Mod per comprimere nel formato finale o salvi in formato avi non compresso per non perdere qualità.
Non so se con Vegas ci sia una funzione simile...
Non capisco perchè Premiere debba darti errore nel caricamento di un avi, strano... ma nello specifico qual'è l'errore?