Mah, io sono dell'idea che sia più facile creare un gioco 2d usando un motore 3d in proiezione ortogonale (ad esempio jmonkeyengine o ardor3d). Comunque una ricerca per "java 2d game framework" restituisce pagine di risultati, si tratta di spulciarle e vedere cosa ci sia di papabile.
Per quanto riguarda il formato, ci sono dei parser per i file flash, ad esempio (mai provato):
http://www.anotherbigidea.com/javaswf/
Ma io farei un pensierino ad svg (batik) per la creazione dei contenuti 2d.