Credo che l'accesso ai dati della home non richieda grandi prestazioni. Se vuoi leggere un file mp3, immagino che la cosa più lenta sia posizionare la testina, piuttosto che leggere il file.
Invece (credo) che il SO e i programmi richiedano più operazioni insieme, quindi possono spremere il Raptor.
Per questo metterei i dati su uno dei dischi "normali" e il SO sul Raptor. Anche perché così sfrutti due canali sata invece che uno solo.
Io dividerei il Raptor tra i due sistemi. Poi metterei la home di linux su uno dei dischi e userei l'altro per i file condivisi.
La pecca sarebbe il fatto che, considerando che usi poco Windows, mezzo Raptor andrebbe "sprecato". Oltre il fatto che personalmente preferisco dedicare un disco intero ad ogni sistema, in modo da lasciarli più indipendenti (meno possibilità di fare casini...
).
Quindi, in alternativa, suggerirei di usare il Raptor per linux + home, il 320 come archivio (magari condiviso) e il 250 solo per Windows (così sta pure largo).
Riguardo la swap, quanta ram hai? Io con Debian e 1,5 GB di ram l'ho proprio disattivata. Non è una cosa molto furba, ma le prestazioni dovrebbero essere migliori e comunque finora è sempre abbondantemente avanzata.
Infatti stavo pensando di fargli caricare in automatico un po' di roba che uso sempre, così velocizzerei l'apertura e l'esecuzione di certe applicazioni.