In casi del genere è un po' difficile trovare il colpevole, quasi certamente qualche problema nel sistema dopo i vari aggiornamenti, anch'io dopo tutti questi aggiornamenti dell'ultimo mese, ho notato un rallentamento nel primo avvio di IE9 dopo un riavvio del pc, cosa che non capitava con IE8
magari può essere che col tempo le cose si stabilizzano.