Dropbox CLI ti toglie l'impaccio della compatibilita' da un singolo desktop environment (
http://wiki.dropbox.com/TipsAndTrick...dLinuxInstall), ma se vuoi un'alternativa veramente open source dovresti usare rsync con un server piu' o meno privato. Se non generi molto traffico basta anche solo un hard disk collegato al tuo router su cui hai impostato un indirizzo con dyndns (in teoria funziona, poi c'e' da provare...).
Cmq rsync approfondiscilo, e' molto interessante!
EDIT: Si puoi usare dropbox anche solo tramite interfaccia web, ma e' molto limitativo (perdi l'automatismo della sincronizzazione, che e' il punto forte di dropbox...).