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Puoi fare entrambe le cose.
Una volta messi in raid, i dischi vengono visti come un'unica unità, quindi nulla ti vieta di installare windows su quell'unità e nel contempo metterci i dati importanti. Magari sarebbe meglio dedicare una partizione a windows + programmi e una ai dati (che so, 200gb windows + programmi e il resto dati).
Se disponi di un disco particolarmente veloce (ad esempio, un SAS da 15k giri, un raptor o un SSD) allora è meglio installare su questo windows + i programmi (per ovvi motivi), e dedicare il raid 1 allo storage.
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