Non è tanto normale e non mi riferisco a quei 100MB, ma alla questione "Disco 0", "Disco1".
Hai per caso reinstallato il SO dopo il cambio degli hd?
In caso affermativo è probabile che nel bios, il disco di storage fosse impostato come "Disco Primario" e questo già prima dell'installazione del SO.
Durante la procedura, magari tu hai indicato il disco giusto (l'attuale Disco 1), ma
Windows ha scritto il "settore di avvio" sul Disco 0 (questo spiegherebbe i 100MB).
Entra nel bios e controlla quale dei 2 hd è impostato come 1° Harddisk Device.
Puoi fare anche una prova, staccando il cavo dati al disco di storage, e vedendo se il PC esegue normalmente l'avvio, o se dà errore per mancanza di "unità di avvio".
Puoi postare uno screen di Gestione Disco?
Ad esempio:
http://clip2net.com/clip/m32748/1292...-png-169kb.png