Per prima cosa benvenuta nel forum di HwUpgrade.
Dunque non è affatto vero che Vista cripta i file, perlomeno non senza tua specifica richiesta, quindi solo tu puoi sapere se quei file sono realmente criptati o no.
In ogni caso anche se criptati, da quello che posso immaginare dovresti lo stesso vederli e poterli prelevare e copiare. Se non li vedi proprio, è più probabile che quell'hard disk abbia subito un guasto o il file system sia corrotto. Da ciò si spegherebbe anche l'impossibilità di avviare Windows.
A questo punto direi che forse è meglio se provi ad usare uno dei tanti metodi per il recupero dei dati. Adesso non so se nel forum c'è una discussione ufficiale aperta sull'argomento recupero dati, ti invito a fare una eventuale ricerca in tal senso.
In ogni caso su Ubuntu puoi installare Photorec che è un potente programma di recupero dati. Ha un'interfaccia non proprio amichevole, però leggendo la documentazione presente sul suo sito si riesce a venirne fuori agevolmente
Saluti.