Semplicemente che quando formatti la CF con la macchina fotografica, questa crea alcune cartelle di servizio cič che servono a lei per salvare le immagini e i dati delle fotografie, tu invece quando salvi i tuoi files sulla CF devi usare altre cartelle o scriverli semplicemente fuori da quelle credate dalla macchina fotografica.
Come faresti con un HD dove non scrivi i files nella cartella Windows, ma ne usi una che non serve al SO.