Sinceramente la vedo dura riuscire a spiegarti visto le indicazioni vaghe che dai.
Cmq ci provo.
Devi assicurarti che l'Hard Disk viene visto dal BIOS. (se non viene visto allora è partito)
Se dici che ognitanto parte e altretante volte non parte allora la prima cosa che viene in mente è che l'Hard Disk sta' partendo. Escluderei i virus. (almeno per quanto riguarda il boot.