Sono le stesse mie, mi sa che dalla sfiga ha iniziato a cancellare proprio la lib/apt...

D'altra parte in circa un secondo non può aver cancellato molto...
Ho notato che per esempio apt-setup funziona.
se da lì seleziono il modo http e poi un indirizzo, mi dice
E: Lists directory /var/lib/apt/lists/partial is missing.
In pratica non trova il contenuto di partial, giusto?
Allora la sparo:
se mi faccio inviare da qualcuno la cartella partial con il suo contenuto
e la copio sul mio disco, potrebbe funzionare?