il file autorun.inf contiene informazioni su cosa e come eseguire un qualcosa al verificarsi di un dato evento, nel caso in questione quando si inserisce la chiavetta usb.
Il file rimane nella chiavetta ma venendo letto dal pc questoe seguee quanto dichiarato in quel file saenza chiedere autorizzazione all'utente.
è un file che da le istruzioni per quella periferica e stop
il file a cui ti riferisci te come "impostazioni di windows all'avvio" era il file autoexec.bat che era presente alla radice del disco c:\ presente fino a win9x e poi non più presente perchè la componente dos è stata completamente rimossa.