Ciao Giusč, non ho capito bene quale sia il tuo problema.
Il componente h:selectBooleanCheckbox dovrebbe mostrarti un solo checkbox che č checkato o meno in base a questo valore #{bean.filterPanel.checkedRelations[relation.id]}.
Il tag a4j:support aggiunge solo qualche funzione ajax sull'onclick della stessa checkbox.
Forse hai un dataTable con pił righe e colonne e ciascuna di queste colonne contengono delle checkbox che vorresti attivare/disattivare in base alle checkbox fleggate?
Bye
p.s
Sono Paolo