Se hai provato a cambiare attacco sulla mobo ed il risultato non cambia, posso ipotizzare un problema hardware ai contatti del frontale, oppure un problema di alimentazione visto che il problema si manifesta all'estrazione della chiavetta. Potrebbe anche essere un problema di massa o che so io, insomma elettrico.
L'unico modo per uscire dall'empasse, secondo me è quello di prendere un replicatore di porte (con alimentatore) attaccarlo ad una presa posteriore, posizionarlo sul case mantenendo la comodità di inserimento frontale.
L'ultima prova che puoi fare è quella di verificare se tante volte nel BIOS ci fosse una impostazione per le USB frontali (ma non penso) così come c'è quella per l'audio.
Riformattare anche, secondo me però non vale la pena, in fondo è un problema superabile in altri modi meno "pesanti"
Ciauz