Questo problema è dovuto al fatto che XP e il 2000 nativamente (cioè senza aggiornamenti installati) hanno un BUG che impedisce di gestire correttamente partizioni l'LBA 48bit ( partizioni oltre i 120Gb) senza perdere dati! Può capitare che l'OS sovrascriva i dati di una parte della partizione!
Per risolvere questo problema basta installare il service pack 1 (per WINDOWS XP)! Dà già che c6 installa anche tutti gli aggiornamenti da WINDOWS UPDATE!
Per il 2000 dovresti risolverlo installando l'ultimo service pack rilasciato da Microsoft!