"codificare un bytebuffer in codice binario" non è l'apice della chiarezza, ci vuole qualche informazione in più per sapere quali strumenti usare.
In via generale, il metodo Integer.toBinaryDigits(int) restituisce un letterale String che rappresenta la sequenza di bit che corrisponde al valore intero in notazione binaria (es. 2 -> 10), ma è una stringa e non un numero, per cui l'uso ha scopi estranei al calcolo.
La notazione binaria è estranea all'armamentario dei letterali numerici di Java (ci sono interi esadecimali, ottali, decimali a 32 e 64 bit, numeri in virgola mobile a precisione singola e doppia ma niente notazione binaria), il che significa che non puoi fare operazioni usando direttamente la notazione binaria.
Altro paio di maniche è la possibilità di operare sui singoli bit che compongono un intero: qui c'è tutta la famiglia degli operatori & | ^ e chi più ne ha più ne metta.
A titolo d'esempio, volendo conoscere il valore del terzo bit che compone il byte 53 è sufficiente una riga di codice e l'operatore bitwise "&" :
int bit = (53 & 4) == 4 ? 1 : 0;
In tutta sincerità non oso immaginare quale masochistica ragione ti porti a dover considerare una sequela di byte per i bit che compongono ciascun elemento (ma sono pronto ad essere stupefatto
).
&Ciao.