1) Ti consiglio vivamente un formattone riparatore
2) Ti consiglio molto vivamente di non usare i "codec-pack" come K-Lite, Nimo, ACE, ecc.... dato che non fanno altro che "incasinare / intasare". Per una corretta riproduzione del 99% dei files è sufficiente il codec Divx (consiglio 5.02 o 5.05) il codec XviD (consiglio 1.0 beta 3), Ac3Filter e OggDS (anche questo un filtro directshow). Poi se usi gli .mkv allora c'è il Matroska Pack. Per i filmati quicktime e realmedia....boh, non ne ho nemmeno uno !

Ma consiglio gli appositi programmi.
3) Ti consiglio anche di non usare windows media player, non perchè è ms o altre boiate, semplicemente perché nella mia esperienza (quando l'usavo io) distorceva abbastanza l'audio ed era anche un po' pesantuccio......consiglio
Media Player Classic e foobar o winamp (versione 2.x non la 3 e non la 5) per quanto riguarda l'audio.....
Per risolvere i tuoi problemi potresti provare a disinstallare TUTTI i codec da te installati (compreso il k-lite codec pack"intero" ), riavviare e provare ad installare solo quelli essenziali (che ti ho elencato).
Spero di essere stato di aiuto,
Buona Notte !