nel tuo Ente non c'è un regolamento o quantomeno un manuale del protocollo informatico (che da qualche anno a questa parte è soggetto a regole ben precise)?
in linea di massima non si protocollano atti interni che non costituiscono fasi obbligatorie di procedimenti amministrativi... non so se il tua caso rientra fra questi... non c'è un responsabile del protocollo?
p.s. in ogni caso, il responsabile e/o il dirigente dovrebbero avere una casella di posta elettronica certificata: potresti dotarti anche tu di una casella PEC e mandare la comunicazione tramite questa, così li freghi ed hai la sicurezza che non possono negare di aver ricevuto la comunicazione!