Dato che uso CCleane da anni senza alcun problema, ma non uso TuneUp direi che l'indiziato è proprio quest'ultimo. del resto mi è capitato spesso di leggere di utenti che hanno perso pezzi del SO eseguendo la pulizia del registro con TU. Se proprio vuoi pulire il registro affidati alla sicurezza assoluta di Auslogics Registry Cleaner