Io uso DGIndex + VFAPI codec + VirtualDub.
Il primo, partendo dal file .ts, permette di creare un file .d2v per il video + un file .mp2 per l'audio.
Il secondo crea un "finto" file .avi a partire dal .d2v.
Con l'ultimo puoi mettere le mani sul file .avi, tagliarlo, applicare filtri, comprimerlo e unirlo all'audio (personalmente decomprimo il file mp2 in wav e poi lo ricomprimo con VirtualDub).
Ciao