Il fatto che la porta sia nattata o meno, non ่ un problema di TCP ma di IP, o meglio ancora ่ solo un problema del software che gestisce il NAT.
Quanto alla tua domanda, va specificato il concetto di socket ovvero una quadrupla formata da ip sorgente

orta sorgente /ip destinazione

orta destinazione che ่ un' entitเ univoca su internet. Va altresi detto che tutti i server sono implementati con il concetto di multithread, ovvero una volta accetta la connessione (direttiva accept()), questa (o meglio il socket)viene passata ad un thread in grado di erogare il servizio, mentre il server principale torna nello stato di binding pronto ad accettare nuove connessioni.