Si, quello che volevo evitare era proprio spostare manualmente programma per programma quello che mi serve..

Non credo che avrei cali di prestazioni, i dischi a piatti rotanti traggono vantaggio dalla suddivisione in partizioni (la testina si muove in aree ristrette invece che su tutto il disco).
Perchè inutile tenersi le impostazioni? Anzi è un grosso vantaggio ritrovare i miei settaggi una volta reinstallato, tu stesso hai portato l'esempio di Firefox e Thunderbird.
Poi, che intendi per contorto e non previsto? O si può o non si può

Comunque, grazie per la risposta