ciao
dalla tua descrizione sembra essere un problema di interlacciamento. Dan questo punto di vista ho notato che MS6.5 è un pò carente. Infatti quando ad esempio realizzo un ralenty, o scelgo field A o B in ogni caso il video risulta scattoso. La stessa clip con Premiere non produce alcun problema.
Il mio consiglio, senza voler contestare il mitico Raptor

, è quello di provare ad impostare in MS6.5 l'opzione BASATO SU FOTOGRAMMA quando crei il file video, per vedere se il rpoblema si risolve.
Altrimenti se hai disponibile Premiere puoi cercare di ridurre i difetti importando il file video creato in Premiere ed abilitare l'opzione Video Option/Field Option/Flicker Removal, oppure con il filtro video/Field interpolate.