[Lucrezio]

Era effettivamente una boiata!
Posto la soluzione, così per curiosità:

C$omp parallel do
C$omp& shared(VVx,VVy,VVz,Vel,NThr,NStep,IFr)
C$omp& private (I,J)
      do I = 1, Lenght+1, IFr
        NThr = OMP_GET_NUM_THREADS()
        do J = 1, NStep - I + 1, IFr
          Fac = Dble(NStep-I+1)/Dble(NStep*(NStep+1)/2)
          VVx(I) = VVx(I) + Fac*Vel(1,IAt1,J)*Vel(1,IAt2,J+I-1)
          VVy(I) = VVy(I) + Fac*Vel(2,IAt1,J)*Vel(2,IAt2,J+I-1)
          VVz(I) = VVz(I) + Fac*Vel(3,IAt1,J)*Vel(3,IAt2,J+I-1)
        enddo
        ACF(I) = (VVx(I)+VVy(I)+VVz(I))/Three
      enddo
C$omp end parallel do

Bisogna aggiungere anche

include 'omp_lib.h'

Ho compilato con il comando

 ifort -o acf -O3 -openmp acf.f

Grazie a tutti!