[Chiancheri]

non fai prima ad avviare da cd e salvare su pendrive!? Quando avvii ubuntu lui opera solo sulle partizioni prestabilite (in questo caso quelle della chiavetta), quindi non tocca il disco. In ogni caso di "amenità" linux non ne crea. La differenza tra la versione persistente e quella normale è che nella prima puoi anche installare programmi e dati che non perdi al riavvio, nel secondo caso tutte le modifiche vengono perse dopo il riavvio. Qualsiasi cosa installi su linux puoi sempre riportare il sistema con pochissimi comandi, come lo avevi lasciato prima, anche dopo milioni di installazioni e disinstallazioni (a meno che fai casini tu per errore), non è come su win che ad un certo punto formatti per disperazione...
In ogni caso utilizzare ubuntu da chiavetta è spessissimo più lento che da installazione normale (tranne di chiavette molto veloci e schede madri particolari), peggio ancora col cd.

In ogni caso ci sono milioni di modi per creare una liveusb per cui non so come la chiavetta è stata strutturata. Magari apri gparted e dicci com'è fatta.