Ma, mi sembra un pò strana come cosa. Difficile che ci siano conflittualità hardware tra piastra madre e scheda video...più facile che ci sia a livello di driver.
Secondo me non è tanto un problema di conflitti.
La scheda video che ti fa questo ciocco è nuova?
Potrebbe essere anche un problema di alimentazione. Posta il resto del pc incluso l'alimentatore