[mcardini]

Ad occhio sembrerebbe un errore grave, forse nel filesystem stesso.
Ti consiglio di provare ad avviare il pc con un cd live con Vista PE e provare un chkdsk, forse risolvi.
Il server ha subito arresti bruschi o cali di corrente negli ultimi tempi?

Edit:
Ho letto ora che chkdsk lo hai gia' provato...
Ram bacata?
Ti aveva dato problemi prima di adesso?

Edit2:
Il tuo problema e' nel registro di windows, di solito viene creato una copia dello stesso automaticamente da windows.
Si dovrebbe trovare nella stessa cartella, io proverei a rinominare il file corrotto in .old e rinominare il backup creato da windows.
Forse risolvi.